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【技术】两获诺贝尔生理学或医学奖的RNA技术,究竟有多强?——以PCSK9靶点为例
2023-11-17 15:22

2023年诺贝尔生理学或医学奖授予了Katalin Kariko博士和Drew Weissman博士,肯定了他们在核苷酸修饰方面做出的杰出贡献,而这一技术极大的推动了mRNA疫苗抗击新冠疫情的研究进展。无独有偶,在17年前,2006年诺贝尔生理学或医学奖授予了Andrew Z. Fire博士和Craig C. Mello博士,肯定了他们在RNA干扰方面做出的杰出贡献。

这一技术实现了基因沉默,为后来siRNA药物的研究开发奠定了基础,短短20年间,就有两项RNA相关技术被赋予科学最高奖项,由此而生的RNA药物,未来可期。

基因治疗的定义

RNA药物是核酸药物之一,属于基因治疗的范畴。根据中国药典(2020版)“人用基因治疗制品总论”的定义,人用基因治疗制品通常由含有工程化基因构建体的载体或递送系统组成,其活性成分可为DNA、RNA、基因改造的病毒、细菌或细胞,通过将外源基因导入靶细胞或组织,替代、补偿、阻断、修正特定基因,以达到治疗疾病的目的。
我们认为,核心要素是将外源基因导入受体。如何导入?导入之后如何稳定存在?稳定存在之后如何适时发挥作用?发挥作用之后如何代谢?这是基因治疗考虑的四个核心问题。

基于“中心法则”的药物开发策略

中心法则(Central Dogma)是1957年由Francis Crick首次提出的关于DNA、RNA及蛋白质三者之间关系的规律,如图1所示(Crick在1956年的手绘)。简言之,DNA可以转录为mRNA,也可自我复制;mRNA可以翻译为蛋白质,也可自我复制,也可逆转录为DNA;但是蛋白质不可以反向生成RNA或者DNA。

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图 1 中心法则示意图(Crick在1956年手绘)

显然,在药物与疾病斗争过程中,可能存在两套“中心法则”。一套是疾病发生的“中心法则”:错误的DNA转录为错误mRNA,进而翻译为错误的蛋白。如果我们将该路径中任意一步破坏,就有可能阻止或者延缓疾病的进展。例如,作用于错误的DNA片段,或者阻断其转录,或者作用于错误的mRNA,或者阻断其翻译,或者作用于错误的蛋白。

另外一套是药物作用的“中心法则”:如果我们将DNA、RNA或者蛋白质任意一种物质,递送进患者体内,就有可能依据信息传递的路径发挥作用。例如,直接递送蛋白(例如依洛尤单抗注射液),或者递送能够翻译该蛋白的mRNA,或者递送编码该蛋白的DNA。更有趣的是,递送一些能够干扰错误转录或翻译的物质(例如药物Inclisiran),或者直接递送一些“剪刀”破坏错误的基因(例如药物NTLA-2001)。

基于PCSK9靶点的药物迭代之路

以前蛋白转化酶枯草溶菌素9(PCSK9)靶点为例,以RNA相关技术为重点,我们梳理一下药物迭代之路,更全面理解基因治疗的作用机制及优势。低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)是引发心脑血管疾病的重要因素,如何降低LDL-C的含量,研究人员提出了多种策略。

1.“一代药王”阿托伐他汀

在PCSK9靶点兴起之前,抑制胆固醇的合成,是研究的重点。胆固醇有一系列复杂的合成机制,其中羟甲基戊二酰辅酶A(HMG-CoA)还原酶是胆固醇合成的限速酶,抑制该酶的作用,就能够抑制胆固醇的合成。于是,HMG-CoA还原酶成为一个可能的靶点。后来,一系列他汀类化合物被合成,可以有效抑制HMG-CoA还原酶。其中,某国际药企的阿托伐他汀(立普妥)脱颖而出,成为医药史上第1个“超级重磅炸弹”。该类药物的策略是找到胆固醇合成路径中的一个靶点蛋白,将其抑制。

2.靶向PCSK9蛋白的单抗

他汀类药物降脂效果有限,且有一定副作用。如果不能抑制胆固醇的合成,但能够加速胆固醇的代谢,也不失为一种好办法。研究人员发现, PCSK9与LDL-C竞争性结合低密度脂蛋白受体(LDL-R),导致LDL-C不能够与LDL-R有效结合,从而拖慢LDL-C的代谢速度。如果我们能够拮抗PCSK9,LDL-C就有更多与LDL-R结合的机会,从而加速其代谢。PCSK9就成为新兴的靶点,PCSK9单抗应运而生。目前我国已有多款单抗产品获批上市(表1)。该类药物的策略是找到影响LDL-C代谢的因素蛋白,利用抗体捕捉该蛋白。

表 1 国内上市PCSK9单抗产品

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3.与其捕捉靶蛋白,不如沉默其表达

基于PCSK9靶点,与其用抗体去捕捉该蛋白,不如设法阻止PCSK9蛋白的上游mRNA的翻译。这样的思路得益于2006年诺贝尔生理学奖或医学奖siRNA技术的研究发现。如图2所示,siRNA是一类双链RNA(Double-stranded RNA, dsRNA),它与Dicer蛋白结合,被该蛋白分解为小片段。这些小片段再与RISC复合体结合,与mRNA去配对,于是mRNA被分解破坏掉,达到沉默mRNA翻译的目的。

Inclisiran是全球首款降脂的siRNA药物,通过与N-乙酰半乳糖胺(GalNAc)配体共价连接,结合肝细胞上的脱唾液酸糖蛋白受体,进入体内,破坏掉翻译PCSK9蛋白的mRNA,从而降低PCSK9蛋白的表达。每6个月皮下给药一次,大大增加了患者的依从性。在此之前,全球首款siRNA药物Patisiran上市,用于治疗遗传性甲状腺素介导的淀粉样变性的多发性神经病(hATTR)。该药物首次使用脂质纳米颗粒(LNP)递送进人体,为后来新冠mRNA疫苗的递送技术奠定了基础。

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图 2 RNA干扰机制示意图[1]

截止2023年10月,FDA共批准6款siRNA药物,如表2所示:

表 2 已上市siRNA药物

药品名称

研发公司

适应症

载体

上市日期

Patisiran

Alnylam

hATTR

LNP

2018年

Givosiran

Alnylam

急性肝卟啉病

GalNAc

2019年

Lumasiran

Alnylam

1型原发性高草酸尿症

ESC-GalNAc

2020年

Inclisran

Novartis

降血脂

GalNAc

2021年

Vurisiran

Alnylam

hATTR

ESC-GalNAc

2022年

Nedosiran

Novo Nordisk

1型原发性高草酸尿症

GalNAc

2023年

4.与其阻止mRNA翻译,不如敲除DNA基因

更进一步,与其阻止mRNA的翻译,不如直接将PCSK9的基因敲除,一劳永逸。Crispr-Cas9系统是最常用的基因剪刀,如何把这套系统直接递送至体内发挥作用呢?其中一个策略就是借助可以翻译Cas9蛋白的mRNA,让其与gRNA(化学合成)一起打包在脂质纳米颗粒(LNP)中,被递送进人体细胞。

Cas9蛋白被翻译之后,与gRNA组装为Crispr-Cas9系统,发挥基因剪刀的功能,敲除靶基因。相比mRNA新冠疫苗或者肿瘤疫苗来说,这无疑是一种大胆的创新,其翻译产物是另外一套系统的组成部分,在体内临时组装,这大大拓展了mRNA的应用范围。

Kiran Musunuru研究团队[4]就试图利用这样一套作用机制去敲除灵长类动物的PCSK9基因。该产品是将化学合成的sgRNA与翻译Cas9蛋白的mRNA包裹在LNP中,递送进食蟹猴体内。试验显示,单次给药后,肝脏中的PCSK9基因几乎完全被敲除,同时血液中的PCSK9蛋白下降了近90%,LDL-C下降了近60%,并且该效果持续了至少8个月。该研究为肝脏内Crispr精准编辑单基因治疗心血管疾病提供了动物水平的证据。

相似的,另外一款产品NTLA-2001,也是全球首个体内基因编辑疗法,用于治疗转甲状腺素蛋白淀粉样变性(ATTR),2023年10月18日获批III期临床。该产品采用LNP递送系统,携带靶向人TTR(转甲状腺素蛋白)基因的sgRNA和翻译Cas9蛋白的mRNA序列。其作用机制如图3所示。I期临床试验(NCT04641051)结果显示,该产品具有剂量依赖性。给药后28天,低剂量组(0.1mg/kg)血清中TTR平均下降52%,高剂量组(0.3mg/kg)血清中TTR则平均下降87% [3]

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图 3 NTLA-2001作用机制[3]
(一)mRNA里程碑事件[5]

  • 1961年,发现mRNA

  • 1976年,首次聚合物体内递送核苷酸

  • 1978年,脂质体递送mRNA入人体细胞及小鼠细胞

  • 1995年,首次mRNA肿瘤疫苗在小鼠体内完成试验

  • 2005年,Kariko,Weissman团队首次报道,核苷酸修饰技术可以减少Toll样受体(TLR)识别mRNA的作用

  • 2008-2012年,Kariko,Weissman团队进一步证明,核苷酸修饰技术可以降低mRNA被分解,提高mRNA翻译能力

  • 2017年,首次个体化mRNA肿瘤疫苗开展临床试验

  • 2020年,2款新冠mRNA疫苗(mRNA-1273和BNT162b2)在美国获批紧急使用

  • 2021年,新冠mRNA疫苗LNP的佐剂作用被证实

  • 2023年,Kariko,Weissman获得2023年诺贝尔生理学或医学奖

(二mRNA药物结构特点

非复制型mRNA的结构如图4所示,主要由开放阅读框(ORF,目标蛋白编码区)、5’端非编码区(5’-UTR)、3’端非编码区(3’-UTR)、5’端帽子结构及3’端PolyA尾所组成。

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图 4 mRNA结构[2]

(三)mRNA药物研发主要关键技术[6]

本文主要介绍非复制型mRNA的工艺流程及质控要点。其工艺流程简图如图5所示,大致分为起始原材料(线性模板)的获得(过程1)、mRNA原液制备(过程2)以及载体包装(过程3)等三个过程,其主要关键技术包括模板序列的设计、体外转录的方法以及载体设计等。

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图 5 mRNA工艺简图

1)质量研究

如图6所示,mRNA质量研究主要包括mRNA结构及理化性质、纳米颗粒结构及理化性质(以LNP为例)、杂质分析和生物活性分析四大方面,贯穿于工艺流程始终。

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图 6 质量研究考虑要点

2)关键质控点及考虑要点

目标蛋白的序列(ORF)固然重要,非编码区序列(UTR)同样重要,它们关系到mRNA的稳定性以及翻译效率。序列的确证始于质粒构建,终于产品放行,贯穿于制备全过程。另外,关键的质控点包括质粒构建及菌种库建立检定、线性模板的质量控制、mRNA原液的质量控制以及成品的质量控制等。其考虑要点如表3、表4所示。

表 3 质粒构建、菌种库建立检定考虑要点

  • 明确宿主菌的来源、基因、表型及目标克隆筛选的流程

  • 开展鉴定研究:鉴别、抗生素敏感性

  • 工程菌的建立及鉴定

  • 转化后,克隆筛选,建立种子库

  • 种子库的检定

  • 提供完整检定报告

  • 无外源因子污染

  • 基因序列准确

  • 细菌形态学、培养物纯度、质粒限制性酶切图谱

  • 活性、质粒保有率、鉴别、抗性

  • 传代稳定性研究

  • 明确各级种子库的限定传代代次及依据

  • 序列大小、序列准确性、质粒限制性酶切图谱、质粒拷贝数

表 4 关键质控点考虑要点

  • 线性转录模板质控项目

  • 鉴别

  • DNA模板浓度

  • 测序:模板的测序是必须的

  • 纯度

  • 线性效率

  • 杂质残留:宿主菌DNA、宿主菌RNA、宿主蛋白残留

  • 微生物限度

  • 内毒素

  • 体外转录活性

  • mRNA原液质控项目

  • 鉴别

  • mRNA序列长毒

  • 序列完整性及准确性

  • mRNA理化特性

  • mRNA含量

  • 加帽率

  • 纯度

  • 产品相关杂质:不完整mRNA、双链RNA

  • 工艺相关杂质:残留蛋白酶、DNA模板残留、有机溶剂、金属粒子残留

  • 无菌、内毒素

  • mRNA成品质控项目

  • 鉴别:对mRNA及相关递送系统组分进行鉴别无外源因子污染

  • 含量检测:应对mRNA含量、mRNA完整性、mRNA纯度、递送系统各组分含量、佐剂含量(如适用)、其他特殊辅料含量(如适用)进行检测

  • 理化特性:纳米颗粒粒径及分散系数(PDI)、Zeta电位、pH值;外观、装量/装量差异、可见异物、渗透压、不溶性颗粒、残留水分

  • 纯度及工艺相关杂质:包封率、乙醇残留

  • 生物学活性检测:体内或体外

  • 安全性指标:内毒素、异常毒性、无菌检查

结语

本文所列举的RNA相关技术及产品只是基因治疗之一隅,它们幸运的被研究人员发现、试验和成功商业化。事实上,还有更多形式的创新技术和开发策略破土而出,或者正在经历黎明前的至暗时刻,或者成功迭代上市。我们相信,一代又一代研究人员前赴后继,基因治疗必将有更广阔的天地。


参考文献

[1] COMMITTEE N. siRNA作用机制图[J]. 2006.

[2] LIU C, SHI Q, HUANG X, et al. mRNA-based cancer therapeutics[J]. Nature Reviews Cancer, 2023, 23(8): 526-543.

[3] GILLMORE J D, GANE E, TAUBEL J, et al. CRISPR-Cas9 In Vivo Gene Editing for Transthyretin Amyloidosis[J]. New England Journal of Medicine, 2021, 385(6): 493-502.

[4] MUSUNURU K, CHADWICK A C, MIZOGUCHI T, et al. In vivo CRISPR base editing of PCSK9 durably lowers cholesterol in primates[J]. Nature, 2021, 593(7859): 429-434.

[5] HUANG X, KONG N, ZHANG X, et al. The landscape of mRNA nanomedicine[J]. Nature Medicine, 2022, 28(11): 2273-2287.

[6] CDE. 新型冠状病毒预防用mRNA疫苗药学研究技术指导原则(试行)[EB/OL] (2020-08-14)[2023-10-26].

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